देश के पश्चिमी भूभाग की ओर स्पेनिश विजेता डॉन नुओनो बेल्ट्रान डी गुज़मैन की निरंतर अवतारों ने उन क्षेत्रों पर अपना प्रभुत्व और शक्ति बढ़ाने के लिए एक नए प्रांत की स्थापना की, जिसके परिणामस्वरूप किंगडम ऑफ़ न्यू गैलिशिया कहा गया।
यह क्षेत्र विभिन्न स्वदेशी समूहों द्वारा बसा हुआ था, जिन्होंने स्पेन में स्थापित की गई बस्तियों को लगातार नष्ट कर दिया था। नुओनो डी गुज़मैन के लेफ्टिनेंट, कैप्टन जुआन बी। डी। ओनेट को उन प्रांतों को शांत करने के आदेश मिले और नोचिस्ट्लान नामक स्थान पर विला डी गुआडलजारा मिला, एक तथ्य जो उन्होंने 5 जनवरी, 1532 को खाया था। शहर पर लगातार स्वदेशी हमलों के मद्देनजर। उन्हें एक साल बाद टोनाला और बाद में ट्लाकोट्लान जाना पड़ा। तीसरा स्थान एतामजैक घाटी में शहर को बसाने के लिए बनाया गया था, जहां 14 फरवरी, 1542 को न्यू गैलिकिया और डॉन एंटोनियो डी मेंडोज़ा के गवर्नर के रूप में क्रिस्टोबल डी ओनेट की उपस्थिति में शहर की स्थापना की गई थी। फिर न्यू स्पेन के वायसराय, जिन्होंने मिगुएल डे इबारा मेयर और लेफ्टिनेंट गवर्नर की नियुक्ति की।
शहर तेजी से विकसित हुआ और कॉम्पोस्टेला (आज के टेपेइक) के साथ प्रतिस्पर्धा करना शुरू कर दिया, जो उस समय धार्मिक और नागरिक शक्तियों का आसन था, ताकि ग्वाडलजारा के निवासियों ने ऑडीशिया अधिकारियों पर ऐसा दबाव डाला, कि राजा फेलिप द्वितीय ने 10 मई, 1560 को कम्पोस्टेला से गुआदालाजारा, कैथेड्रल, रॉयल कोर्ट और ट्रेजरी अधिकारियों को स्थानांतरित करने के लिए एक सेडूला जारी करने का निर्णय लिया।
शहरी संरचना की योजना अन्य औपनिवेशिक शहरों के अनुसार बनाई गई थी, इसलिए इसका लेआउट सैन फर्नांडो वर्ग के रूप में शतरंज की बिसात के रूप में विकसित किया गया था। बाद में फ्रैको एंटोनियो डी सेगोविया द्वारा मेक्सिकेल्टिंगो और एनलको के पड़ोस की स्थापना की गई और सबसे पुराने में से एक मेज़क्विटैन का पड़ोस। सैन हॉल अगस्टिन के वर्तमान मंदिर के सामने और पहला पैरिश चर्च जहां पैलेस ऑफ जस्टिस स्थित है, के सामने टाउन हॉल हाउस भी बनाए गए थे।
आज, शानदार शहर, औपनिवेशिक इमारतों में विपुल, वास्तुकला की एक अच्छी संख्या को प्रदर्शित करता है, जैसे कि इसके कैथेड्रल, एक अवश्य देखें साइट, 1561 और 1618 के बीच वास्तुकार मार्टिन कैसिलस द्वारा निर्मित। उनकी शैली को भड़काऊ बारोक के रूप में वर्गीकृत किया गया है। इसकी ठोस संरचना आज के प्लाजा डी ग्वाडलजारा के सामने उठती है, इसके जिज्ञासु टॉवरों के साथ, हालांकि वे इमारत की मूल शैली से संबंधित नहीं हैं, वर्तमान में ग्वाडलजारा की राजधानी के प्रतीक के रूप में पहचाने जाते हैं। 19 वीं शताब्दी में भूकंप से आदिम टॉवर नष्ट हो गए थे, यही कारण है कि आज इसे जोड़ दिया गया है। मंदिर का आंतरिक भाग अर्ध-गोथिक शैली में है, जिसमें इसके फूल भी शामिल हैं जो फीता से बने हैं।
16 वीं शताब्दी से अन्य धार्मिक उपदेश, सैन फ्रांसिस्को के सम्मेलन हैं, जो 1542 में नदी के पास स्थापित किया गया था, एनलको पड़ोस में, और सुधार में लगभग पूरी तरह से नष्ट हो गया। 17 वीं शताब्दी के अंत में पुनर्निर्मित इसका मंदिर, मामूली सोलोमोनिक लाइनों के अपने बरोक अग्रभाग के साथ संरक्षित है। सैन अगस्टिन के कॉन्वेंट की स्थापना 1573 में फेलिप II के रॉयल अध्यादेश द्वारा की गई थी और वर्तमान में इसके मंदिर को गंभीर हेरेरियन लाइनों के मुखौटे के साथ और इसके इंटीरियर को रिब्ड वाल्ट्स के साथ संरक्षित किया गया है।
सांता मारिया डे ग्रेसिया, एक और अभिसमय नींव, प्यूब्ला से डोमिनिकन नन द्वारा कब्जा कर लिया गया था, 1590 में प्लाजा डी सैन अगस्टिन के सामने बनाया गया था और हर्नान गोमेज़ ला पेना द्वारा भुगतान किया गया था। निर्माण छह ब्लॉकों पर कब्जा करने के लिए आया था, हालांकि आज केवल इसका मंदिर बना हुआ है, 18 वीं शताब्दी के उत्तरार्ध से एक नवशास्त्रीय मुखौटा के साथ।