Yaquis के ईसाईकरण ने 1609 में सोनोरा के क्षेत्र को भेदते हुए धार्मिक को फैलने की अनुमति दी थी।
कालोनी के दौरान, सोनोरा ने केवल उस इकाई की सीमा में शामिल सिएरा माद्रे अवसर की ढलान के अनुरूप थे। रियल डे ला सिनेगुइला सहित यकी नदी से उत्तर की ओर चलने वाले क्षेत्र को पिमेरिया बाजा कहा जाता था और उस रियल से कोलोराडो नदी तक का सबसे उत्तरी क्षेत्र - पहले से ही वर्तमान उत्तर अमेरिकी राज्य एरिज़ोना में - सिमरिया अल्टा कहा जाता था।
वर्तमान सोनोरन क्षेत्र में दक्षिण पश्चिम में एक छोटा सा क्षेत्र भी शामिल है, जिसे तब पिहेरिया के नाम से जाना जाता था, जो चिहुआहुआ और ओस्टिमुरी राज्य में स्थित है, जो मेयो और याकी नदियों के बीच, कैलिफोर्निया की खाड़ी के तटों पर स्थित है।
1614 में मिशनरी पेरेज़ डी रिवास और पेड्रो मेन्डेज़ ने ओस्टिमुरी क्षेत्र में मायांस को ईसाई बनाया, मिशन को तीन जिलों में बांटा: सांता क्रूज़ (मेयो के मुहाने पर), नवजोड़ा और टेसिया।
Tepahues 1620 में Cornicaris के साथ एक साथ शामिल किए गए थे। फादर मिगुएल गोडेनेज़ ने San Andrés de Cornicari और Asunción de Tepahui के मिशनों की स्थापना की। . उसी वर्ष सैन इग्नेसियो की रिक्टरेट की स्थापना की गई थी, जिसमें शामिल थे, पहले से उल्लेख किए गए पांच मिशनों के अलावा, येकुई के मुहाने पर स्थित बाकुम, तोरिन और राहुएन।
1617 में यक्विस को माता-पिता पेरेज़ डी रिवास और टोमस बेसिलियो द्वारा परिवर्तित किया गया था। कष्टों, दंगों, पीड़ाओं और हत्याओं के बावजूद, सोनोरा का रूपांतरण तेज और अधिक सुरक्षित था। 17 वीं शताब्दी तक जेसुइट्स ने दक्षिण-पश्चिम भाग में मेकोबा और येकोरा के मिशन का विस्तार और स्थापना की जिसे वे चिन्निपस के रूप में जानते थे।
याकी नदी से उत्तर तक के मिशनों को चार परिधिओं में विभाजित किया गया था: सैन बोरजा ने इसके मिशनों को समूहीकृत किया: कुकुमारिपा और टेकोरिपा , 1619 में स्थापित; 1622 में मोवाज़ और ओनोवास; 1627 में साहुरिपा; 1629 में चटाई; 1677 में ओनापा और अरिवेची , 1727 में। जापान के तीन पवित्र शहीदों के क्षेत्र, जिनमें 1627 में बटुको की स्थापना, 1640 में ओपोपुरा और बाकादेगुची शामिल थे , Guazavas , सांता मारिया बेकरका और सैन मिगुएल बाविसपे , 1645 में स्थापना की। और 1636 में यूरेस के मिशन को एकीकृत करने वाले सैन जेवियर की रिक्टरेट; 1639 में एकोची, ओपोडेपे और बानामची; 1648 में Cucurpe और Arizpe, और 1655 में Cuaquiárachi।
1687 में मिशनरी युसेबियो फ्रांसिस्को किनो ने पिमेरिया अल्टा में प्रवेश किया और नुस्तेरा सनोरा डे लॉस डोलोरेस के रिक्टरेट के मिशन की शुरुआत की, संस्थापक: कैबरेका, जिसे फ्रांसिस्को जेवियर सटा को सौंपा गया था, जो अपने आध्यात्मिक समर्थन के साथ पत्राचार रखता है, पिता। किनो; एटिल, टूबुटामा, सरीकस ऑफ सोरिक, पिटिकिटो, आइल, ओक्विटो, मैग्डेलेना, सैन इग्नासियो, कोकस्पोरा और इमोरिस से हमारा लेडी।
जेसुइट्स के निष्कासन के बाद, मिशन फ्रांसिसियों के प्रभारी थे, जिन्होंने कोई और निर्माण नहीं किया और केवल मौजूदा लोगों को संरक्षित करने के लिए खुद को सीमित किया। एक बार जेसुइट्स ने पहले ही सिनालोआ और सोनोरा में बस्तियां स्थापित कर ली थीं, उन्होंने अपनी आँखें कैलिफ़ोर्निया क्षेत्र में बदल दीं।
